Università degli Studi di Perugia

Esame scritto e orale

vedi sito consiglio intercorso in chimica http:/cic.chm.unipg.it

Rappresentazione al computer di strutture molecolari (modelli molecolari). Principi di Meccanica
Molecolare. Anatomia di un force field di meccanica molecolare. Minimizzazione energetica. Utilizzo di
GRID per descrivere molecole organiche. Le proteine e la cristallizzazione. Utilizzo di GRID per descrivere
macromolecole. Descrittori molecolari per molecole organiche. Descrittori molecolari 3D: il metodo
VolSurf. Applicazioni del metodo VolSurf per la stima di proprietà di molecole organiche. Il concetto di
farmacoforo. Il metodo FLAP per la descrizione di molecole organiche. Il metodo FLAP per la descrizione
di macromolecole. Lezioni al computer sui temi: costruzione molecolare, minimizzazione energetica,
metodo montecarlo e analisi conformazionale.
Rappresentazione di strutture chimiche mediante files SDF e Mol2. Banche dati (3D) sperimentali; files
PDB. Il problema della conformazione: ricerca sistematica e ricerca random con metodo montecarlo.
Metodi di statistica multivariata per la progettazione molecolare (richiami di PCA, PLS e disegno
sperimentale). Parametri importanti nella progettazione molecolare: pKa. Metodi di calcolo del pKa. Il
metodo Moka. Parametri importanti nella progettazione molecolare: log P. Metodi di calcolo del LogP.
Metodo di Rekker per il calcolo del LogP. Banche dati di building blocks. Utilizzo di metodi
computazionali nella progettazione della sintesi. High Throughput Screening per la ricerca di composti
biologicamente attivi. Metodi di ricerca virtuale (Virtual screening) per la ricerca di composti
biologicamente attivi. Lezioni al computer applicando i programmi Sybyl, GRID, Moka, Volsurf e Flap.

Conoscenza dei metodi più diffusi di modellistica molecolare per la costruzione e la rappresentazione di molecole organiche finalizzata alla progettazione di composti chimici con proprietà ottimali

Lezioni frontali

Dispense fornite dal docente

Conoscenza dei metodi più diffusi di modellistica molecolare per la costruzione e la rappresentazione di molecole organiche finalizzata alla progettazione di composti chimici con proprietà ottimali

DA STABILIRE

Le lezioni si svolgereanno nel secondo semestre

Facoltativa

Dipartimento di Chimica, Via Elce di Sotto 8