Insegnamento COMPUTATIONAL CHEMISTRY
| Nome del corso di laurea | Scienze chimiche |
|---|---|
| Codice insegnamento | A001124 |
| Curriculum | Theoretical chemistry and computational modelling |
| Docente responsabile | Andrea Lombardi |
| Docenti |
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| Ore |
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| CFU | 6 |
| Regolamento | Coorte 2019 |
| Erogato | Erogato nel 2019/20 |
| Erogato altro regolamento | |
| Attività | Caratterizzante |
| Ambito | Discipline chimiche inorganiche e chimico-fisiche |
| Settore | CHIM/03 |
| Anno | 1 |
| Periodo | Secondo Semestre |
| Tipo insegnamento | Obbligatorio (Required) |
| Tipo attività | Attività formativa monodisciplinare |
| Lingua insegnamento | INGLESE |
| Contenuti | Introduzione all'uso degli strumenti informatici nella chimica moderna. Breve introduzione e richiami di sistemi operativi, editor e linguaggi di programmazione. -Classificazione delle metodologie esistenti, in termini di metodi quantistici, semiclassici, classici e statistici; Principali problematiche di interesse nella chimica computazionale - calcolo di strutture elettroniche; - ottimizzazione di strutture molecolari, ricerca di minimi su superfici di energia potenziali - costruzione e studio delle di superfici di energia potenziale - interazioni intermolecolari - dinamica molecolare classica e quantistica, metodi misti (QM/MM) Al fine di facilitare l'apprendimento, i principali contenuti del corso sono intervallati da periodici richiami a aspetti di base della meccanica classica e quantistica e statistica. Il corso sarà arricchito da esempi di applicazioni delle tecniche e metodi studiati. Sono previste esercitazioni in aula, svolte attraverso l'accesso a cluster virtuali. Seminari di docenti e ricercatori attivi nel campo della chimica computazionale arricchiranno ulteriormente il corso. |
| Testi di riferimento | Dispense fornite dal docente e riferimenti bibliografici. Testi opzionali: -Errol G. Lewars, Computational Chemistry -Frank Jensen, Introduction to Computational Chemistry |
| Obiettivi formativi | Obiettivi del corso sono: - le basi teoriche della chimica computazionale -una conoscenza generale delle applicazioni: fattibilità, limitazioni e vantaggi. - lo sviluppo di un approccio pratico all'applicazione dei metodi computazionali alla modellistica molecolare e biomolecolare. |
| Prerequisiti | Conoscenze di base di programmazione. Conoscenze matematiche di algebra lineare e analisi matematica e teoria dei gruppi. Conoscenze di base di meccanica classica e quantistica. |
| Metodi didattici | Lezioni frontali, esercitazioni pratiche al calcolatore |
| Altre informazioni | Periodo: Ottobre-Dicembre 2019. Dove: biblioteca di chimica generale, piano terzo, presso Dipartimento di Chimica, Biologia e Biotecnologie in Via Elce di Sotto |
| Modalità di verifica dell'apprendimento | Presentazione di seminari individuali da parte degli studenti su argomenti inerenti il corso Per informazioni sui servizi di supporto agli studenti con disabilità e/o DSA visita la pagina http://www.unipg.it/disabilita-e-dsa |
| Programma esteso | 1) Introduzione al calcolo scientifico e alla chimica computazionale 1.1 Definizione di chimica computazionale e suo ruolo nella scienza contemporanea 1.2 Calcolatori: sistemi operativi (LINUX), "shell" e editori di testo. 1.3 Breve rivista di linguaggi di programmazione. 1.4 Calcolo parallelo e calcolo distribuito. 2) Richiami di meccanica classica e quantistica. 2.1 Metodi quantistici nei problemi molecolari 2.2 Metodi semiclassici e classici nella dinamica molecolare 3) Superfici di energia potenziale 3.1 Metodi quantistici per sistemi elementari 3.2 Interazioni intermolecolari 3.3 Meccanica molecolare e "Force Fields" per sistemi complessi 4) Simulazioni di dinamica molecolare 4.1 Dinamica molecolare classica 4.2 Metodi QM/MM 5) Esplorazione di superfici di energia potenziale 5.1 Punti stazionari, minimo globale, minimi locali e punti di sella 5.2 Metodi per la ricerca di minimi di energia 5.3 Cammini di reazione e isomerizzazione 6) Richiami di Meccanica Statistica 7) Simulazione di sistemi estesi 7.1 Condizioni periodiche al contorno 7.2 Simulazione di superfici, solidi e liquidi 8) Modellistica di biomolecole 8.1 Database di proprietà strutturali di biomolecole 8.2 Simulazione di biomolecole |