Il CdLM ha stipulato convenzioni con enti, università e aziende italiane e straniere per favorire attività di stage/tirocinio sia curriculare che extracurriculare dei propri studenti, valutandone la coerenza.
Alla fine del percorso lo studente prepara un elaborato dell'attività svolta che deve essere approvato dal Tutor Aziendale e quindi valutato da una commissione composta da Docenti del corso. La valutazione prevede anche un colloquio con lo studente che ha effettuato il tirocinio/stage, che ha tra le finalità anche quella di monitorare l'adeguatezza della preparazione dello studente rispetto al lavoro svolto in azienda. Fermo restando la scarsa numerosità degli studenti, provenienti generalmente dall'Umbria, si osserva la preferenza degli studenti suddetti a svolgere l'attività di tirocinio all'interno di strutture specializzate dell'Ateneo.

Per essere ammessi alla prova finale occorre avere conseguito tutti i crediti nelle attività formative previste dal piano di studi. La prova finale consiste nella preparazione e discussione di una tesi sperimentale su un argomento di carattere biotecnologico assegnato ad ogni studente dal proprio Relatore. La tesi potrà essere redatta anche in lingua inglese. Di norma la tesi implica la frequenza a tempo pieno presso un laboratorio accademico specializzato, presso aziende, strutture della pubblica amministrazione e laboratori, oltre che presso altre Università italiane ed europee, anche nel quadro di accordi internazionali.

La prova finale per il conseguimento della Laurea Magistrale in Biotecnologie Molecolari ed Industriali è pubblica e consiste nella presentazione e discussione di un elaborato originale (Tesi di Laurea) che può essere redatto e presentato anche in lingua Inglese, davanti ad una commissione di laurea. Nel caso di studenti che si rechino presso un ente estero per svolgere il lavoro di tesi, sotto la supervisione di un docente di quella sede, l'elaborato può essere redatto nella lingua del paese ospitante, purché sia corredato da un esauriente estratto in italiano o in inglese.

Lo studente, per preparare la sua prova finale, concorda con un relatore il contenuto del lavoro a carattere sperimentale e il laboratorio presso cui questo verrà svolto, che potrà essere universitario, di aziende pubbliche o private, di enti pubblici e privati o di altre strutture esterne, nazionali o estere, eventualmente convenzionato con il CdLM e ne richiede autorizzazione al CdLM con apposita istanza da presentare almeno sei mesi prima dell'inizio della frequenza del laboratorio.

L'attività scientifica sarà svolta con l'assistenza e sotto la responsabilità di un professore o un ricercatore del CdLM (relatore) ed eventualmente di un correlatore.

Ove non regolamentato da apposita convenzione, il lavoro sperimentale svolto dallo studente per preparare la tesi di laurea è da intendersi come attività formativa, i cui costi sono a carico della struttura ospitante che detiene la proprietà intellettuale delle conoscenze e dei risultati.
La valutazione della prova finale è espressa in centodecimi e comprende una valutazione globale del curriculum del laureando, una valutazione della tesi di laurea e della sua esposizione davanti ad apposita commissione. La commissione per gli esami di laurea è costituita da un minimo di sette e da non più di undici professori e ricercatori dell'Ateneo ed è nominata dal Rettore dell'Ateneo su proposta del Coordinatore del CdLM. Lo studente, per essere ammesso alla prova finale deve aver acquisito tutti i crediti previsti dal piano di studi per le attività formative diverse dalla prova finale. Per la formazione del voto di laurea, la Commissione di Laurea calcola la media dei voti ottenuti nelle attività formative valutate in trentesimi, compresi i voti conseguiti in esami superati presso altri corsi di studio e convalidati, utilizzando come pesi i relativi crediti. La Commissione di laurea ha poi la possibilità di aggiungere alla media convertita in centodecimi la votazione dell'esame di laurea fino ad un massimo di sette punti, di cui quattro riservati al lavoro di tesi, uno all'esposizione finale e due alla lunghezza del percorso didattico (due punti per la laurea conseguita in due o tre anni, uno se la laurea è conseguita in quattro anni e zero punti se in un tempo più lungo). La Commissione, valutate le attività didattiche svolte in Azienda o Enti esterni (Tirocinio pratico applicativo e preparazione del lavoro di tesi anche parziale purchè adeguatamente documentato) o svolte all'estero dagli studenti in ambito Erasmus, o in altro programma di mobilità internazionale riconosciuto dall'Ateneo (Erasmus placement, Leonardo ecc) può inoltre assegnare fino al massimo di due punti aggiuntivi.
Qualora il voto finale raggiunto dal laureando sia maggiore di centodieci la Commissione, purché unanime, può conferire la lode.